住房公积金贷款利息要低于商业银行住房贷款利息的原因是：

1、公积金贷款基准利率低于商业银行贷款基准利率。五年以上公积金贷款利率3.25%，而商业贷款五年以上年基准利率为4.90%，虽然目前商贷利率已经以LPR利率为基准，但五年以上LPR利率仍要远高于3.25%；

2、公积金贷款利率是不允许上浮的，而商贷利率则可在LPR利率基础上加点。

在具备相关资质的前提下，申请公积金住房贷款利息成本大都要低于商业贷款。