年终奖扣税计算公式有两种情况：一种是，如果雇员当月工资薪金所得高于(或等于)税法规定的费用扣除额的。适用公式为：应纳税额=雇员当月取得全年一次性奖金×适用税率-速算扣除数;另一种情况是，如果雇员当月工资薪金所得低于税法规定的费用扣除额的。适用公式为：应纳税额=(雇员当月取得全年一次性奖金-雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额)×适用税率-速算扣除数。