如果支付金额超过1000元就不能使用花呗进行支付了，那么有以下几种原因：

1、可能是因为用户的花呗额度不足1000元；

2、可能是因为花呗用户的信用状况不好，有逾期行为被花呗平台风控了，用户可以先把欠款还清，再进行尝试；

3、也有可能是因为用户不规范使用花呗导致用不了，例如用户进行大额套现被系统检测出来了，如果发生这种情况，那么只能等待平台自动进行解封。